donderdag 27 november 2014

Homo Ignoramus

A Reflection on Possible Creationist Speciation

One of the criticisms on evolutionary theory is that evolution cannot account for the arrival of new species. Yes, species can change over time (this has been observed), but one species cannot turn into a new species. Unfortunately for the creationists, new species do arise. This process, speciation, is being studied and new insights are published on almost a daily basis.

Beetle Penises
The most important factor in the origin of species is the establishment of reproductive barriers. These barriers come in all kinds of shapes and flavors. For example, two populatios of the Madeiran Storm-petrel breed on the same islands, but at different times. So, they are isolated from each other in time. If they continue to show this particular behavior, they will diverge and in time (no pun intended) become different species. You can find the original study here.
Another form of reproductive isolation is mechanical, the key does not fit the lock. This phenomenon is common in beetles. On the picture below, you can see a beetle penis (not John Lennon, another kind of beetle...) decorated with beautiful spikes and other frills. It only fits into female beetles of its own species. Isn't that romantic!

A Beetle Penis
Cultural Barriers
It is also possible that certain individuals display a behavior that is only attractive to males or females from a particular group. For instance, some birds have to sing a specific song to attract mates. But let's get hypothetical now (I almost wrote physical). What if a certain belief system determines whether you can find a partner. Let's say you have to believe that everything was created and did not come about by purely natural processes. If your partner thinks otherwise, he or she will be dumped. So, this behavior will create a cultural reproductive barrier and over time these populations may evolve into different species. An isolated creationist community can in theory develop into another human species, Homo ignoramus, and by doing so, providing evidence for the evolutionary process they so viciously fight. Wouldn't that be wonderfully ironic...?!

The Evolution is Homo ignoramus (featuring Ken Ham)

vrijdag 21 november 2014

The Sad Story of the Alaotra Grebe

A reflection on the extinction of a Grebe and ending on a positive note

Ever heard of the Alaotra Grebe (Tachybaptus rufolavatus)? This small bird lives on the remote island of Madagascar. Or lived,  I should say, because it went extinct a few decades ago. The disappearance of this species is due to a combination of factors, such as poaching and the introduction of predatory fish.

Only known picutre of a wild Alaotra Grebe

But another factor that contributed to the extinction of this grebe was hybridization with the African Little Grebe (T. ruficollis). Extensive interbreeding between these species was described by Voous and Payne (1965). Given that hybridization often leads to the exchange of genetic material between species (a process known as introgression), maybe some part of the Little Grebes' genome is Alaotra Grebe DNA. So, this extinct bird species might still live on in the gene pool of his close relatives.

Artistic impression of the Alaotra Grebe


References
Voous, K. & Payne, B.G. (1965) The Grebes of Madagascar. Ardea, 53:9-31.

Three Grebe-species from Madagascar (from Voous & Payne 1965).

zaterdag 15 november 2014

WEET: Een Magazine voor en door de Onwetenden

Door mijn vorige post over de argumenten van creationistische evolutiebioloog Ruben Jorritsma ontdekte ik toevallig het magazine WEET. Dit is een Christelijk tijdschrift dat wetenschappelijk nieuws brengt vanuit een Bijbels perspectief (over een contradictie gesproken!). Via de website kon je een gratis proefnummer bestellen. Dus heb ik dat maar gedaan en vandaag zat het magazine in de bus. Enkele artikels worden goed gebracht, aangezien ze niet in strijd zijn met het geloof. Maar toch staan er enkele tenenkrommende stukjes tekst in. Een overzicht.

p.13 Update in mensenevolutie
In dit artikel worden enkele recente ontwikkelingen omtrent de menselijke evolutie uit de doeken gedaan. Er worden drie ontdekkingen behandeld: de Neanderthaler, Pygmeestammen in Afrika en de Flores-mens. Over de Neanderthaler is men eerlijk. Nieuwe C-14-dateringsmethoden en DNA-analyses tonen aan dat Neanderthalers vroeger zijn uitgestorven dan gedacht en dat er kruisingen hebben plaatsgevonden tussen de moderne mens en de Neanderthaler waardoor we nu nog stukjes Neanderthaler-DNA in ons genoom vinden. Niets op aan te merken dus, maar dan...

In Afrika zijn twee pygmeestammen ontdekt die hun kleine gestalte te danken hebben aan verschillende mutaties. Een mooi voorbeeld van convergente evolutie. In het magazine wordt het zo voorgesteld: "Volgens onderzoekers heeft deze 'evolutiestap' (in feite een vorm van degeneratie) dus twee keer onafhankelijk van elkaar plaatsgevonden." Dit is een verwijzing naar het boek van creationist Peter Scheele (lid van de redactie trouwens) waarin evolutie wordt gezien als degeneratie. Wat natuurlijk niet waar is. Maar het wordt nog erger! Men vraagt zich af waarom deze stammen zo klein blijven. De onderzoekers denken dat het kleine gestalte een voordeel oplevert in het regenwoud, anders moesten ze zich steeds bukken. WEET legt uit: "Dit proces heet Lamarckse evolutie." Ten eerste is het Lamarckiaanse evolutie en ten tweede is dit een foute interpretatie. Het originele artikel zegt helemaal niets over Lamarckiaanse processen ("These results support longstanding anthropological hypotheses that small body size confers an important selective advantage for human rainforest hunter-gatherers.")


Leden van een Afrikaanse Pygmeestam


Het derde stukje tekst behandelt het debat over de Flores-mens, een kleine mensachtige waarvan fossielen ontdekt zijn op het eiland Flores. Er zijn twee hypothesen: (1) het is een kleine mensensoort die op het eiland ontstaan is, of (2) het is een persoon met Downsyndroom. Dit debat is nog volop bezig en er is nog geen consensus bereikt. Maar in het magazine wordt de hypothese die het best bij hun zienswijze past gevolgd: "Nu blijkt namelijk [...] dat de Flores-mens helemaal geen ontbrekende schakel is, maar een persoon met het syndroom van Down." De hypothese wordt dus voorgesteld als waarheid, wat nog niet het geval is. Verder is de Flores-mens nooit als ontbrekende schakel (of missing link) gezien. Het is mogelijk een zijtakje van de menselijke evolutieboom.


De Flores-mens
p.36-37 Ouderdom van de maan
Dit artikel behandelt het maanstofargument van de creationisten. Dit argument stelt dat er de laag stof op de maan te dun is als de maan miljoenen jaren oud is. In de jaren 90 werd dit argument zowaar door twee creationistische wetenschappers (contradictio in terminis) weerlegd. Zij berekenden dat de dunne stoflaag op de maan perfect verklaard kan worden als je uitgaat van een oude maan. Maar dit artikel bespreekt enkele nieuwe ontwikkelingen (namelijk een studie van Prof. Brian O'Brien) die het maanstofargument nieuw leven zouden inblazen. Ik heb de studie opgezocht en nergens wordt er een woord geschreven over de cijfers die in WEET gepresenteerd worden (namelijk dat er een stoflaag van 3 tot 4,5 kilometer zou zijn). Dus het maanstofargument kan terug in de kast om verder stof te verzamelen...


Te weinig stof op de maan?
p. 49 Bewijs voor de massale uitsterving?
In de rubriek " Vraag en Weet" worden lezersvragen beantwoord. Eentje gaat over het bewijs voor de massale extinctie 65 miljoen jaar geleden door een meteorietinslag. Hoe sterk is dit bewijs? WEET vermeldt twee feiten: (1) de krater in Mexico en (2) de afzettingen in de aardlagen. Deze feiten kunnen (volgens de schrijver) op twee manieren verklaard worden. Een meteorietinslag gevolgd door een tsunami of een wereldwijde vloed. "[W]elke bril je op hebt bepaalt hoe je de feiten interpreteert." Ze vergeten wel te vermelden dat een Bijbelse bril geflankeerd wordt door enorme oogkleppen. Want deze twee feiten zijn slechts enkele waarnemingen die de massa-extinctie bewijzen. Denk bijvoorbeeld aan de vele fossielen of dunne sedimentlaag van Chromium isotopen die veel voorkomen op meteorieten. Ook het tijdstip (65 miljoen jaar geleden) wordt in twijfel getrokken want "er waren toen immers geen wetenschappers bij om dit waar te nemen.
Het is positief dat lezersvragen beantwoord worden, maar doe het dan tenminste eerlijk!

God is geen wetenschap!
Wetenschap heeft een naturalistische methodologie, wat wil zeggen dat wetenschappers enkel onderzoek doen naar natuurlijke processen en geen uitspraak doen over bovennatuurlijke fenomenen. God (of elk ander bovennatuurlijk wezen) heeft dan ook geen plek in de wetenschap. Een leuke anecdote die dit illustreert is het moment waarop de wiskundige Laplace zijn werk aan Napoleon presenteerde. Laplace beschreef het zonnestelsel aan de hand van wiskundige formules, waarop de Franse keizer vroeg waarom God niet vermeld werd. Laplace antwoordde: "I had no need of that hypothesis. (maar dan in het Frans)" Wetenschappers proberen dus niet om het bestaan van God te ontkrachten, maar om de natuur te verklaren zonder de uitleg "God did it." In WEET wordt er desalniettemin meermaals verwezen naar God. 

p. 5 "Er is er maar Een die werkelijk alle kennis heeft. Dat is God. Laten we ons daarom maar aan Zijn regels houden."
p.27 "Iedere zorgvuldig uitgevoerde stap in het proces [metamorfose van vlinder] toont daarbij de wijsheid en macht van de Schepper."
p. 31 "Een sterk staaltje ontwerp!" (over de menselijk voet)
p. 48 "Er is maar een oplossing: het Evangelie." (over de fascinatie voor het kwade)

Het is zeker niet slecht dat wetenschappelijk onderzoek het brede publiek bereikt, maar WEET is zeker geen optie. Het buigt bepaalde ontdekkigen zo om dat ze binnen het Christelijk dogma vallen. Dit is geen wetenschap. Ik heb mijn proefnummer nu gehad en ik denk niet dat ik een abonnement zal nemen...

Recent werd het misleidend karakter van WEET nog aangekaart in het Reformatorisch Dagblad. Gevolgd een reactie van redacteur Jan Rein de Wit, die de onwetendheid (en arrogantie) van de creationisten hiermee nogmaals in de verf zet.

maandag 3 november 2014

Een Creationistische Evolutiebioloog?!

Uitzonderlijk zal deze post in het Nederlands zijn. Vorige week kwam ik toevallig een lezing op Youtube tegen getiteld "Biologische Argumenten voor Evolutie." Op zich niet zo speciaal, maar wel als je weet dat deze lezing plaatsvond op een creationistisch congres... Degene die de lezing geeft (Ruben Jorritsma) is student aan de Universiteit van Wageningen, waar ik momenteel aan mijn PhD werk. Hij stelt zichzelf voor als evolutiebioloog, maar blijkt toch een creationistisch wereldbeeld te hebben. Raar! Waarom zou je iets gaan studeren waarvan je op voorhand al weet dat je het niet zal aanvaarden?



In het filmpje bespreekt hij enkele sterke argumenten voor de evolutietheorie en "weerlegt" ze vervolgens. Ik zal zijn argumenten kort bespreken en vervolgens weerleggen, want zoals steeds zijn het typische voorbeelden van de creationistische werkwijze, zoals cherry-picking, quote-mining en verkeerde interpretaties. De argumenten van Ruben Jorritsma zal ik op deze manier weergeven.

1. Geobserveerde biologische veranderingen
Over het eerste argument kan ik heel kort zijn, want creationisten hebben geen problemen met de veranderingen in soorten die ze kunnen waarnemen. Het kan zelfs opgenomen worden in een creationistisch ontstaansmodel. Hierover is dus geen discussie meer.

2. Biogeografie
Dit vind ik persoonlijk één van de sterkste argumenten voor de evolutietheorie. Alle organismen komen voor op precies de plek waar je ze verwacht op basis van evolutionaire processen. In de lezing wordt het bekende voorbeeld van de Darwin-vinken gegeven. Deze vogels zijn terug te vinden op de Galapagos-eilanden en stammen af van een gemeenschappelijke voorouder die ooit de overtocht vanuit Zuid-Amerika maakte. Jorritsma heeft hier ook geen probleem mee, maar zegt dat de verspreiding van soorten enkel geldt voor lage taxonomische niveaus. Hij zegt dat dit argument nooit gemaakt kan worden voor bijvoorbeeld families. Dit is fout! Het bekendste voorbeeld zijn de buideldieren. Deze groep komt enkel voor op het zuidelijk halfrond (met uitzondering van de oppossums, die via Panama Noord-Amerika bereikt hebben). Hun verspreiding kan enkel verklaard worden vanuit een evolutionair oogpunt. Sterker nog, in combinatie met genetische data en fossielen wordt het verhaal nog mooier. We vinden buideldieren terug in Zuid-Amerika en Australië. Op basis van moleculaire gegevens weten we dat de gemeenschappelijke voorouder ongeveer 40 miljoen jaar geleden leefde, toen Antarctica nog een brug vormde tussen Zuid-Amerika en Australië. Op basis van deze kennis, verwacht je dat er fossielen van buideldieren terug te vinden zijn op Antarctica in grondlagen van ongeveer 40 miljoen jaar oud. En deze fossielen zijn inderdaad gevonden!

Evolutie van Buideldieren


3. Universele Eigenschappen
LUCA (Last Universal Common Ancestor) is ook wat waar creationisten blijkbaar een probleem mee hebben. Op basis van de kenmerken die alle bekende organismen delen, zoals DNA, RNA en celmembranen, kan men LUCA reconstrueren. Dus LUCA wordt bepaald door deze universele kenmerken. En wat zijn universele kenmerken? Wel, die kenmerken die we terugvinden in LUCA. Een cirkelredenering, zo stelt Jorritsma. En dat klopt inderdaad, maar is dit een probleem voor de evolutietheorie? Absoluut niet. Want hij gaat voorbij aan een belangrijk gevolg van deze kenmerken, namelijk de geneste structuur. Naarmate je door de levensboom klimt, kom je steeds kleinere groepen tegen die kenmerken delen. Laten we beginnen bij LUCA. Terwijl we door de boom klimmen, zien we plots organismen met een celkern. Deze groep staat bekend als de eukaryoten. Wat verder merken we dat het leven meercellig geworden is en weer wat verder ontwikkelen de eerste organen zich. Als we ver genoeg doorklauteren, dan komen we uit bij een groep organismen die warmbloedig zijn, hun jongen zogen met melk en beharing hebben: de zoogdieren! Wat ik hier schets, is de geneste structuur die we terugvinden in de natuur. De taxonomische indeling van het leven is hier trouwens op gebaseerd. De positie van LUCA en welke de universele kenmerken zijn, heeft geen invloed op deze structuur. LUCA als cirkelredering is dus een non-argument.

De levensboom met enkele belangrijke kenmerken


4. Volgorde van Fossielen
Dit blijkt een moeilijk gegeven te zijn voor creationisten. Want alle fossielen liggen inderdaad mooi op de verwachte volgorde. Daarom dat Jorritsma er één aspect uitpikt: Precambrische Konijnen. Dit argument is gebaseerd op een uitspraak van J.B.S. Haldane, die stelde dat de evolutietheorie makkelijk weerlegt kan worden als er één fossiel gevonden wordt op de verkeerde plek. Bijvoorbeeld, een fossiel konijn in het Precambrium (toen er nog geen gewervelden waren). Dus zijn creationisten naarstig op zoek naar fossielen op de verkeerde plek.
Jorritsma zegt de volgorde van fossielen geen voorspelling of predictie maar een postdictie is, aangezien het fossielenbestand reeds bekend was in Darwins tijd. Dit is gewoonweg niet waar. In Darwins tijd waren er bijvoorbeeld nog geen fossielen bekend van walvissen en de merendeel van menselijke fossielen werd pas later ontdekt. Heel wat fossielen zijn trouwens gevonden door de logica van de evolutietheorie te volgen (zie hierboven: fossiele buideldieren).
Vervolgens worden er in de lezing verschillende "Precambrische Konijnen" besproken. Het eerste voorbeeld bespreekt vooral een mismatch tussen schattingen gebaseerd op moleculaire data en fossielen. Jorritsma doet het voorkomen alsof wetenschappers hun data zo bewerken dat alles met elkaar overeenstemt. Hij heeft blijkbaar weinig gelezen rond het gebruik van moleculaire klokken. Deze methode is nog steeds vrij controversieel omdat het calibreren zeer moeilijk kan zijn. DNA muteert namelijk niet aan een constante snelheid door diverse factoren, zoals drift en selectie. Daarom dat men voortdurend moleculaire klokken calibreert aan de hand van fossielen. Recent dit nog gedaan voor de mens met behulp van DNA uit een 45,000 jaar oud fossiel. Hierdoor is het dus perfect mogelijk dat bepaalde schattingen in de evolutie veranderen. Dat is eigen aan wetenschap: het gebruiken van nieuwe kennis. In het voorbeeld van het vogelbekdier en de miereneter werd de gemeenschappelijk voorouder geschat op 50 miljoen jaar geleden. De ontdekking van het fossiel Teinolophos bracht deze datum terug tot 120 miljoen jaar. Toegegeven, een grote sprong. Maar ondertussen zijn er nog fossielen gevonden die net wat jonger zijn (in geologische termen), zoals Kollikodon (100 miljoen jaar geleden). Er is ondertussen dus een mooie reeks fossiele tussenvormen, die in de lezing (bewust?) niet vermeld worden.
Er wordt ook een voorbeeld gegeven van vogelafdrukken die zogezegd van voor het ontstaan van de vogels afkomstig zijn. Maar (in tegenstelling tot de vorige voorbeelden) wordt er geen referentie gegeven. Na wat zoekwerk heb ik het originele artikel kunnen vinden. Hierin worden de afdrukken gedateerd op het Trias, een periode voor de evolutie van vogels. De auteurs geven eerlijk toe dat men nog niet weet welk organisme deze pootafdrukken gemaakt heeft en denken aan een theropode met vogelachtige kenmerken. Maar in 2013 zijn de fossielen opnieuw gedateerd. Dit keer blijken ze wel degelijk overeen te komen met de evolutie van de vogels (namelijk in het Eoceen). Deze ontdekking leidde tot het terugtrekken van het originele artikel. Dit alles wordt (bewust?) niet vermeld in de lezing.

Een Precambrisch Konijn


5. Tussenvormen
Het voorbeeld dat hier besproken wordt, is de overgang van tetrapoden ("viervoeters") van het water naar het land. Hiervan is een zeer mooie fossiele reeks bekend, met onder andere Tiktaalik. De fossielen werden allemaal gevonden in aardlagen van 350 à 370 miljoen jaar geleden, in precies de juiste volgorde. Een sterk argument voor evolutie? Ook volgens Jorritsma, totdat hij fossiele pootafdrukken tegenkwam uit een veel oudere periode (zo'n 400 miljoen jaar geleden). Hierdoor moet de transitie naar het land misschien opnieuw gedateerd worden. Op zich is hier niets mis mee, het is perfect mogelijk dat tetrapoden vroeger dan men tot nu toe dacht reeds de overgang naar het land maakten. De fossiele pootafdrukken vertonen overigens geen tekenen van lichamen die over de grond sleepten, wat er mogelijk op wijst dat deze dieren in ondiep water dreven terwijl zij zich met hun poten voortbewogen. Maar de redenering die Jorritsma dan maakt, is foutief. Hij stelt dat "die volgorde [van de bekende fossielen] volledig toeval bleek." De vondst van oudere fossielen doet helemaal niets af aan de volgorde van de bekende fossiele reeks. Dit is een strategie die creationisten graag gebruiken. Zij vinden één detail wat (voorlopig) niet verklaard kan worden en stellen vervolgens dat de hele theorie (of in dit geval fossiele reeks) foutief is. Daarnaast worden er geen andere tussenvormen vermeld, terwijl deze veelvuldig aanwezig zijn in het fossiele bestand. Denk bijvoorbeeld aan de walvissen (zie figuur hieronder).

Evolutie van Walvissen



6. Dom Ontwerp
Tenslotte bespreekt Jorritsma één van mijn favoriete argumenten voor de evolutietheorie, namelijk onintelligent design. Wanneer je bepaalde lichaamsdelen in detail bestudeert, dan blijken daar altijd wel enkele foutjes in te zitten of zijn de structuren niet optimaal ontworpen. Hoe kan het dat een intelligent ontwerper zulke fouten kan maken? Vanuit evolutionair oogpunt is dit makkelijk te verklaren. Evolutie werkt met hetgeen dat beschikbaar is en soms leidt dit tot suboptimale oplossingen. Een mooi voorbeeld is een zenuw die vanuit de hersenen rond de aorta naar de tong loopt. Dit is een serieuze omweg, zeker als je een lange nek hebt zoals bijvoorbeeld een giraf. Waarom loopt deze zenuw niet rechtstreeks naar de tong? Dit kan verklaard worden wanneer men rekening houdt met de evolutionaire geschiedenis van zoogdieren. Deze delen namelijk een gemeenschappelijk voorouder met vissen, die diverse kieuwbogen hebben. Deze kieuwbogen of kieuwspleten hebben doorheen de evolutie nieuwe functies aangenomen. En één van de gevolgen hiervan is dat de tongzenuw nu een omweg moet maken. (Op deze blog vind je een uitgebreide bespreking van de evolutie van kiewspleten.)
Het voorbeeld dat in de lezing besproken wordt, is het menselijke oog. Dit vertoont inderdaad enkele tekenen van slecht ontwerp, zoals de ligging van bloedvaten vóór de lichtreceptoren waardoor we heel wat visuele informatie verliezen. Maar wanneer we beter naar het oog kijken, dan zien we dat het toch zeer slim ontworpen is! Dat is het argument van de creationisten. Jorritsma verwijst hier naar de ligging van Müller cellen, die door de opbouw van het oog op de juiste plek liggen. Door te focussen op een detail dat wel duidt op goed ontwerp, wordt de aandacht weggetrokken van alle tekenen van dom ontwerp. Een listige tactiek. Verder wordt er niet vermeld dat het oog van de octopus veel beter en ingenieuzer in elkaar steekt dan het onze. Waarom zou een schepper ons met een minderwaardig oog toedienen in vergelijking met een weekdier? Zoals ik hierboven reeds aangaf, dit alles is perfect te begrijpen wanneer we de evolutionaire geschiedenis van de mens en de octopus mee in rekening brengen. Beiden hebben het oog via een andere weg ontwikkeld en toevallig is de uitkomst van de octopus net wat beter dan de onze.

Vergelijking tussen het oog van de mens en de octopus


Hoewel het geen slechte poging was om enkele argumenten van de evolutietheorie onderuit te halen, blijkt weer maar eens dat het speldenprikjes zijn, niet meer dan dat. Ik heb al diverse discussies gehad met creationisten en telkens komen dezelfde (reeds weerlegde) argumenten terug. Af en toe komen ze met wat nieuws op de proppen, maar niet veel later is er wel één of andere evolutiebioloog die de tijd vindt om het argument te weerleggen. Hoe je het ook draait of keer, evolutie is een feit en daar zal niet meteen iets aan veranderen. We weten nog niet precies hoe het allemaal precies werkt (daarom wordt er ook nog steeds onderzoek gedaan), maar dat het leven geëvolueerd is daar twijfelt geen enkele wetenschapper aan.

maandag 20 oktober 2014

Cartoon! The Creationist Workplace

I have had this cartoon in my mind for some time now. Finally, I found the time to put it on paper. Enjoy!


woensdag 27 augustus 2014

The (Missing) Link Between the English League Cup and Charles Darwin

A short reflection on football and Darwinian history

Big shock in the English League Cup this week: Manchester United suffered a humiliating defeat (4-0) against Milton Keynes, a club from the third division. But my eye was caught by a more obscure result, Leicester City (newcomer in the Premier League this season) lost 0-1 against Shrewsbury Town (playing in the fourth division!). The only goal of the match was scored by Andy Magan.


Why did this match trigger my senses? Because Shrewsbury is the birthplace of none other than Charles Darwin! Here is a short paragraph from 'The Darwin Family and their Plants at The Mount in Shrewsbury' by Peter Boyd (2006):

"Charles Darwin was born in Shrewsbury on 12th February 1809. His birthplace was a house called 'The Mount' that was built by his father, Dr Robert Darwin, in an elevated position overlooking the town. Charles spent his childhood in Shrewsbury but left it to attend university from 1825-1831 and for his voyage on 'The Beagle' 1831-1836. However, Shrewsbury remained his home and it was Shrewsbury and his family to which he returned between terms from university and after his great voyage. Although he spent most of the rest of his life living in London and Kent, he continued to visit Shrewsbury until his father's death in 1848 and, much later, on a memorable occasion in 1869 - three years after the death of his sister Susan in 1866 and the subsequent sale of The Mount."


Darwin's Birthplace: The Mount in Shewsbury
Unfortunately, Darwin never saw Shrewsbury Town in action, because the club was founded 4 years after his death. I wonder if old Charles would have enjoyed a good game of football...?

dinsdag 12 augustus 2014

The Marvelous Evolution of Brain Size

A reflection on the brain size of the Leader

I am a big fan of Marvel comics. In the Hulk franchise there is a character known as the Leader (Samuel Sterns). This bad guy got bombarded with gamma radiation, which resulted in a super-sized brain and superior intelligence. But is it biologically possible to live with a brain of this size?


When we look at the human fossil record, it is clear that there is an increase in brain size. The early hominids, such as Australopithecus and Paranthropus, have a cranial capacity of about 400 to 500 cc. The first members of our own genus Homo show a quick increase in brain size from 600 (H. habilis) to 800 cc (H. ergaster). Modern humans are endowed with a cranial volume of 1200 cc on average. Men have a slightly higher capacity compared to women, but I won't go into this (precarious) issue.


But have we reached a limit or can human brain size still increase to take the proportions of the leader? Research shows that this is improbable, the size of the brain is limited by the energy intake of an organism. The brain is a very active organ and requires a huge energy input. There appears to be a linear relationship between energetic cost and number of neurons. So, in principle, the brain could increase in size by adding more space between the neurons but keeping the number of neurons constant. However, this would probably not result in an increase in intelligence. So, it might be feasible to get a brain size similar to the Leader, but without the consequent increase in intelligence.

Is the Leader unrealistic? No, because he obviously extracts the needed energy input for his enormous brain from the gamma radiation! So...says...the Leader!

donderdag 12 juni 2014

The End of Evolutionary Theory is Nigh, because Dragons are Real...

A reflection on another creationist failure

Evolution can be refuted very easily by one observation: just find one fossil in the wrong place. The famous J.B.S. Haldane formulated it nicely as discovering "fossil rabbits in the Precambrium". And, guess what, this has never happened! All the fossils that have been found are at the right place, and in the right rocks. For example, nobody has ever found a human fossil next to a dinosaur fossil, because they lived millions of years apart.

But now, one creationist by the name of Darek Isaacs, has found the way to (as he puts it) "demolish the theory of evolution." In his book, Dragons or Dinosaurs he argues that there is evidence that humans and dinosaurs lived side by side. And this undoubtely confirms the truth of the Bible. Another victory for ignorance...

Here is the cover of the book and the abstract:


Dragon legends are found in nearly every culture around the globe. They have been thought to be myths. Yet, mysteriously, these dragons sound a lot like the other giant scaled reptiles, dinosaurs. Could they be one and the same? Surprisingly enough, the answer to this question is a powerful truth that confirms biblical authority and demolishes the theory of evolution. This book brings forth many new theories and evidence that are sure to fascinate the reader.

vrijdag 6 juni 2014

Science on Youtube!

A collection of great Youtube videos

As part of my PhD, I am also obliged to assist in certain courses. Today, one of those courses (Ecological Methods 2) ended with a day filled with student presentations. The students can choose between a classic powerpoint or a Youtube video to present their results. And the groups that choose the latter will be supervised by me or Fred de Boer (the course coordinator). And here are the results from last year and this year! Just click on the links and enjoy.

2013



2014



vrijdag 23 mei 2014

Why Balkan Priests Need Some Basic Statistics

A reflection on statistics and the ignorance of Balkan priests

One of the first lessons you learn in a basic statistics course is that "a correlation is not necessary a causation". When you find a significant relationship between two variables, it does not automatically entail that there is a causal connection between the two. For instance, researchers found a significant relation between the number of storks nesting in the city and the number of babies born in the city. Is this evidence for the Stork Theory? Do storks deliver babies? Not really, a third variable caused the seeming relation between storks and nests. It turned out that the city under investigation (Copenhagen, Denmark) expanded which resulted in more nesting places for the storks and more people (and babies) in the city.



Now why this statistical lesson? It seems that religious leaders in the Balkan have not quite grasped the concepts of correlation and causation which I just illustrated. Several church leaders have claimed that the recent floods in the Balkan where a "divine punishment" for the Eurovision contest victory of Conchita Wurst. One of the leaders, Patriarch Amfilohije, said that "God sent the rains as a reminder that people should not join the wild side." So, these priests see a direct causation between the floods and the victory of Conchita Wurst? I guess basic statistics (let alone science) is part of the religious education of these priests...


woensdag 7 mei 2014

Species Spotlight: Pheasant-tailed Jacana

The bird in this Species Spotlight wasn't really selected at random. I came across its generic name (Hydrophasianus) during my work. It means "water pheasant", so I was curious to see what this birds looks like. And it turns out to be a beauty!

So, here is the Pheasant-tailed Jacana (Hydrophasianus chirurgus)!


As you can derive from its name, this bird belongs to the Jacana-family. These waterbirds are quite special because of their breeding system, in which a female has multiple males (polyandry).

vrijdag 2 mei 2014

Hanging the Monkey

A reflection on the monkey hangers of Hartlepool

While reading the book The Accidental Species by Henry Gee, I came across an interesting story. During the Napoleonic wars, a French ship was wrecked of the coast of Hartlepool. The only survivor was a monkey, supposedly wearing a French uniform as amusement for the crew. The people of Hartlepool captured the monkey and held a trial on the beach. They had never seen a Frenchman or a monkey, and because the monkey was unable to answer any of their questions, he was seen as a French spy. The animal was being found guilty, sentenced to death and hanged on the beach.

Drawing of the Hartlepool Monkey

An alternative theory is that it was not a monkey, but a young boy. In those times the term powder-monkey was used for children on warships that prepared the cannons with gunpowder.

woensdag 30 april 2014

Mixing Coca Cola and Milk: What Happens?

A reflection on simple chemistry

Here is a fun experiment you can do at home. Take a bottle of Coca Cola and add some milk. Wait for a while and you will get a strange mixture in the bottle. The bottom is covered by a snot-like substance, while the remaining liquid becomes transparent. What is happening here?


Because I have a (short) history as a chemistry teacher, I wanted to find out what reaction is taking place. And it turns out to be quite simple. The phosphoric acid in the Coca Cola reacts with a protein in milk called casein. The phosphoric acid molecules attach to the protein and become more dense. That is why they sink to the bottom and form a snot-like substance. You can trigger the same reaction if you mix milk with other acidic liquids, such as vinegar or lemon juice.


dinsdag 29 april 2014

Mannelijke onderzoekers bezorgen muizen stress

I also write articles for the Dutch popular science website scientias.nl. Today I send in an article based on a paper that appeared today in Nature Methods. Unfortunately, the editor of the site (a sweet lady named Caroline) already wrote a piece on it. Since I put some work (not too much though) in it, I will publish it here. It is, however, in Dutch, but I guess most visitors of this blog are Belgian or Dutch.


Mannelijke onderzoekers veroorzaken stress bij knaagdieren
Ratten en muizen vertonen verhoogde stress wanneer zij gehanteerd worden door mannen in vergelijking met vrouwen. Dit kan mogelijk onderzoeksresultaten beïnvloeden.

Knaagdieren voelen minder pijn als zij door mannelijke onderzoekers gehanteerd worden in vergelijking met vrouwelijke onderzoekers. Een team rond Jeffrey Mogil (McGill University) kwam tot deze verrassende conclusie tijdens experimenten naar pijn bij knaagdieren. Muizen en ratten kregen een injectie in de enkel, waarna het ervaren pijnniveau aan de hand van de gezichtsexpressie van de muis (zogenaamde mouse grimace scale) bepaald werd. De resultaten lieten zien dat de pijnrespons 40% minder was wanneer er een man in de kamer was in vergelijking met een vrouw. Het experiment werd uitgebreid en het bleek dat hetzelfde effect opgewekt werd door een T-shirt dat gedragen de vorige nacht door een man werd. Ook de geur van mannelijke oksels resulteerde in een daling in pijnrespons.

Stress
De auteurs ontdekten dat de mannelijke stimuli geen directe invloed uitoefenden op de pijnrespons van de muizen en ratten. De dieren hadden verhoogde concentraties van het stresshormoon corticosterone in hun bloed. Dit duidt aan dat stress de pijnrespons tijdelijk onderdrukte. Niet enkel mensen veroorzaakten dit effect, ook de aanwezigheid van mannelijke dieren, zoals hamsters, ratten, katten en honden zorgde voor een toename in stress. Mogil geeft aan dat alle experimenten erop wijzen dat blootstelling aan mannelijke stimuli stress veroorzaakt bij muizen. Daarenboven blijkt deze vorm van stress veel sterker in vergelijking met andere vormen.

Gevolgen
Deze ontdekking is niet zo maar een curiositeit, aangezien deze stressrespons een belangrijke invloed kan hebben op resultaten van andere studies. Een analyse van een oudere studie (pijn veroorzaakt door heet water) toonde aan dat muizen die getest werden door mannelijke onderzoekers een lagere gevoeligheid voor pijn vertoonden. Hoe moeten onderzoekers nu omgaan met deze onverwachte factor? “Eén optie”, grapt Mogil, is alle mannen ontslaan, of zorgen dat er altijd een vrouw aanwezig is.” Een andere mogelijkheid is het melden van het geslacht van de onderzoeker in publicaties. Op die manier kan deze factor in de statistische analyses opgenomen worden.

Bronmateriaal
Sorge, R. E. et al. Nature Meth. http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.2935 (2014).


Species Spotlight: Forest Robin

Time to put another bird in the Species Spotlight. 

An African species popped up: Forest Robin (Stiphrornis erythrothorax). This small passerine is the only species in the genus Stiphrornis. Its taxonomic position is not entirely clear, but generally you can find it in the Muscicapidae, the family comprising Chats and Old World Flycatchers. Most taxonomists consider it a single species, but some recommend to split it into five species (now subspecies). 



maandag 28 april 2014

Do Lobsters Feel Pain?

A reflection on pain reception of invertebrates

Big riot in Belgium today. The television station VIER showed how chef Piet Huysentruyt threw a live lobster on the grill after slicing it in half and tearing its limbs off. Here is the clip in Dutch (well, West-Vlaams...).

This raises a question that biologists have been looking at for years: Do lobsters feel pain? There does not seem to be a consensus on this issue at the moment. A quick literature search shows that opinions vary.
Robert Elwood, Stuart Barr and Lynsey Patterson (Queens University, Northern Ireland) reviewed studies specifically aimed at welfare concerns in invertebrates and concluded "some animals show a cognitive ability that is comparable with that of some vertebrates". Hence, some invertebrates might feel pain. In another review, however, Lauritz Somme (University of Oslo, Norway) states that "most invertebrates probably are unable to feel pain".



The difficulty in assessing whether invertebrates (including lobsters) feel pain boils down (pun intended) to the issue whether they also experience the pain, mostly called suffering. The problem is that suffering is a private and emotional experience. It is not possible to quantify such a (possible) emotional state. One cannot simply ask a lobster if the water if too hot.

A completely different question is if this should be shown on television. Honestly, I see no real problem. If one can look at documentaries where lions kill a little zebra, one should be able to watch a lobster being cooked... But that is just my opinion.

vrijdag 25 april 2014

Species Spotlight: Hoopoe Starling

A nice coincidence for this Species Spotlight. My previous post was about a giant extinct swan, and now another extinct species was randomly chosen. 

Introducing the Hoopoe Starling (Fregilupus varius)! It was discovered in 1699 and first described by the Dutch naturalist Pieter Boddaert in 1783. This 30-cm long bird was endemic to the Island of Réunion. It could be found in swamp forests and montainous coastal regions.

Illustration of the Hoopoe Starling based on a specimen from Paris

The Hoopoe Starling became extinct in the 1830s (the last specimen was shot in 1837) because of a combination of factors: the introduction of rats on the island , the introduction of another bird species (Common Myna) to combat locusts, and hunting. Apparantly it was very tasty because it fed on coffee berries. 

donderdag 24 april 2014

An Extinct Giant Swan

A reflection on islands animals

Islands can do strange things to animals: large ones shrink (insular dwarfism) while little ones suddenly grow (insular gigantism). There are numerous examples of both phenomena, but I came across a case that interests me more because it relates to my study subject: waterfowl. 

On Sicily and Malta there lived a giant swan, known as Cygnus falconeri, with a total length (bill to tail) of more than two meters and a wing span over three meters. The nice thing is that is lived next to dwarf elephants. Imagine that, a giant swan accompanied by a dwarf elephant. How things have changed...


woensdag 23 april 2014

How One Man Changed Our Atmosphere

A reflection on the atmospheric legacy of Thomas Midley

Before photosynthesis evolved, our atmosphere was oxygen-free. When photosynthetic microorganisms started producing oxygen as a  waste product, it was first removed from the atmosphere by reduced minerals, mostly iron. This led to the deposition of banded iron formations. Later, the Great Oxygenation Event (about 2.3 billion years ago) added oxygen to the Earth's atmosphere. This series of events shows how a group of organisms dramatically changed the composition of the atmosphere. Quite impressive, right? Not if you compare it to the work of an American chemist...

Banded Iron Formation
Thomas Midley Jr. was born in Beaver Falls, Pennsylvania on the 18th of May 1889. He produced two products that have greatly altered the atmosphere. In 1923, he discovered that the addition of Tetraethyllead (TEL) prevents the "knocking" of internal combustion engines. The addition of TEL to gasoline has led to the release of large quantities of lead into the atmosphere with detrimental effects on human health. He also developed the first chlorofluorocarbons (CFCs). Three decades after his death, it became clear that CFCs deplete atmospheric ozone, leading to the well-known hole in the ozone-layer. All in all, this one man is (indirectly) responsible for increased lead concentrations in the atmosphere and the hole in the ozone-layer. Now that is impressive!

Thomas Midley Jr.
In addition, his death in 1944 is equally dramatic. Having contracted polio, he devised a system of strings and pulleys to help others lift him from the bed. Unfortunately, he became entangled in the ropes and died of strangulation.

dinsdag 22 april 2014

Species Spotlight: Western Quail-thrush

Introducing a new concept! And the first species in the spotlight.

Many blogs have a daily or weekly subject. For instance, Jerry Coyne has daily dialogues with his cat Hili on his blog Why Evolution is True. As a bird watcher, I decided to add the Species Spotlight as a returning topic. Using the IOC birdlist, I randomly pick one species and briefly introduce it. Because the rich diversity of birds worldwide, this is a nice way to get to know some new species.

And the first species is ... (*drum rolls*) the Western Quail-thrush (Cinclosoma marginatum)!



This species belongs to the family Cinclosomatidae and is endemic to Australia. The habitat they occur in is stony, open acacia shrubland. Ford (1983) treats this species as a subspecies of the Chestnut-breasted Quail-thrush (C. castaneothorax), but its taxonomic position is still uncertain.

zondag 20 april 2014

New Book by Menno Schilthuizen: Nature's Nether Regions

A new book by Menno Schilthuizen!

I promised myself not to promote anything on this blog, but today I recieved a mail from Menno Schilthuizen about his new book: "Nature's Nether Regions". And given the topic of the book and the fact that I look up to Menno as a science writer, I decided to advise you all to read (and possibly buy) the book. I plan on reading it myself in due time and maybe write a short review on the blog. I have read two other books by Menno, namely "Frogs, Flies and Dandelions" and "The Loom of Life: Unravelling Ecosystems". Two books I can also recommend. Here is the official press release:

The Cover of Nature's Nether Regions

In NATURE’S NETHER REGIONS: What the Sex Lives of Bugs, Birds, and Beasts Tell Us About Evolution, Biodiversity, and Ourselves, Menno Schilthuizen reports from the front lines of evolutionary biology, on a quest to make sense of the origins, workings and evolution of our and other species’ reproductive selves (Viking; On-sale: May 1, 2014; 978-0670785919; $28.95). In this extremely entertaining new book, Schilthuizen demonstrates that the more we learn about our animal brethren—and their underbellies—the more we understand the beauty of all life and the power of evolution to generate incredible diversity in size, shape and purpose.

What’s the easiest way to tell species apart? Check their genitals. No other organs are as diverse in the way they look and function. Animal species that look very similar on the outside are as different as night and day when one peeks between their legs. Researching private parts was long considered taboo, but scientists are now taking a serious interest in the questions of how and why genitals evolve so quickly. NATURE’S NETHER REGIONS tells the story of these intrepid researchers and the complex web of Darwinian struggle they have uncovered.

To illustrate this epic evolutionary battle, Menno describes penises that sing and have vibrators; female orgasms that sort sperm and flush out the rejects; spiders that masturbate into miniature webs; males with appendages that scoop left-behind semen from previous mates.  We learn why, when it comes to bizarre behaviors and outlandish appendages, humans are downright boring—but we fit in nonetheless.


Marrying the playful prose of a Mary Roach with the evolutionary know-how of a Jerry Coyne, Menno’s tour of the wide world of animal sex organs is a thrilling reminder of our unique place in the great diversity of life and the best way to understand the tortuous ways in which evolution works.

maandag 24 maart 2014

Can Invisibility Evolve?

A reflection on the possible evolution of invisibility

When I was listening to the song Invisible Kid by Metallica in the car, a question popped up: Can real invisibility evolve? And I am not talking about camouflage or an invisibility cloack à la Harry Potter. No, I am thinking about real invisibility: there is nothing to see, but still something is there... (actually sounds a bit scary)

The benefits of pure invisibility are quite obvious. Predators can easily hunt for prey, they don't have to sneak up to them or wait patiently for hours in an ambush. For prey species, the same goes to other way. They don't have to worry about being seen by predators.

But for invisibility to evolve, individuals with this trait need to reproduce. Depending on the mating system, invisibility can be beneficial or a serious problem. For example, some fish species have smalle sneaky males that quickly deposit their sperm while two other fish are getting it on (well, they just spray eggs and sperm into the water). If these males are invisible, they would be more successful.
However, species that actively look for a mate can be faced with some challenges. How can you find something that you cannot see? Sound, smell, or certain cues might be helpful.

A big normal male and a small sneaky one.
There are off course some animals that have evolved a kind of invisibility, by becoming transparant. But pure invisibility has never been observed, which is actually quite logical. I am not sure whether purely invisible organisms can arise by natural selection. Or they have and we just haven't found them yet...

A transparant fish

maandag 17 maart 2014

The Belgian Lichen

A reflection on symbiosis and Belgium

As a Belgian citizen it is always difficult to explain the structure of my country to foreigners. A friend nicely illustrated the confusion with regard to languages:

"In France they speak French. In Germany they speak German. So in Belgium, you speak Belgian?"

Well, not exactly... Belgium has three official languages: Dutch, French and German. For quick overview of Belgium state, I refer to Wikipedia and the following movie:



[...] a unique form of a federal state with segregated political power into three levels:
1. The federal government
2. Three language communities

  • The Flemish Community 
  • The French Community
  • The German-speaking Community
3. Three regions

  • The Flemish Region (five provinces)
  • The Wallon Region (five provinces)
  • The Brussels-Capital Region

The tension between the Dutch- and the French-speaking community has been around since the start of Belgium in 1830. Recently, several political parties, such as Vlaams Belang and NVA, are openly advocating the splitting of Belgium. 



The structure and history of Belgium reminded me of a natural phenomenon, the lichen. This is a composite organism consisting of a fungus and an algal or cyanobacterial partner growing together in symbiosis. At first sight, these organisms have nothing in common, but they manage to thrive together. Research has shown that the symbionts can survive separately, but they do not enjoy the same survival success in extreme environments. 
Whether this principle holds for Belgium? We might find out in the near future...

zondag 23 februari 2014

What if Columbus was a lazy arse?

A reflection on human history

First of all, my excuses for the word "arse". I just could not resist after seeing some episodes from the BBC sitcom "Mrs. Brown's Boys" where the word is used often. You can check out the first episode of the show here.

But let's get started now: Why was I thinking about the consequences of Christopher Columbus being a lazy arse (sorry again)? It has to do with a recent paper in Science (on Valentine's Day by the way, which is actually totally irrelevant here). In this paper Garrett Hellenthal and his colleagues used modern genetic data to look for ancient admixture events between human populations. They managed to identify the genetic impact of many important historical events, such as Arab slave trade and European colonialism.

This research shows the urge of humans to explore the world. As a matter of fact, my sister is on a world trip with her boyfriend at the moment (but again irrelevant here). But what if explorers, like Columbus of Marco Polo, did not set out to discover the world? What would be the impact on human genetics?

Admixture events between human populations would be rare. And if you look at the route our species followed (out of Africa, over the Bering Sea and down to the most Southern Point of South America), it looks a bit like an incomplete circle (see picture, taken from the book "Guns, Germs and Steel" by Jared Diamond).


So, could humans have become a so-called ring species? A ring species, is a connected series of neighbouring populations, each of which can interbreed with closely related populations. But the two ends of the ring (in this case Africa and South America) are to distantly related to interbreed. Examples are gulls (genus Larus) around the polar circle, and the Greenish Warbler (Phylloscopus trochiloides) around the Himalayas.

But because of our historical curiosity to explore and discover the world, we shall never find out. Although a mariage between an African and a South American is quite rare. If you do know such a couple, give me a ring!

dinsdag 18 februari 2014

There is more to life than Chimps!

A reflection on different "centrisms"
 
I get the heebeegeebees (which actually a pop group from the 80s) when I see people attribute human characteristics to animals. This behaviour is known as anthropomorphism. A closely related phenomenon is anthropocentrism, the belief that humans are the central and most significant species on the planet. But we are of course just a small twig on the tree of life.
 
You could argue for each species on this planet that it is the most important one. Bacteriocentrism would entail that Bacteria are the most important and influential organisms. And because you can find them everywhere (they are watching you right now!), you can defend bacteriocentrism.
 
Recently, I came across the term chimpocentrism. This might seem as regarding the chimp as the most important species on this planet. But actually it is just a special case of anthropocentrism. Scientists use the chimp, which is our closest relative, to study the evolution of humans. This chimpocentrism can be dangerous to draw big conclusions. Krist Vaesen from Eindhoven University draws attention to this issue in a recent article. By ignoring the rest of the animal kingdom, we might miss important clues about what makes us humans.
 
 
 
 

woensdag 5 februari 2014

Miraculous Mutations

A reflection on mutation rate after Noah's Ark.
 
I watched the debate between Bill Nye (the Science Guy) and Ken Ham (the director of the Creation Museum). It was painful to see how Ken Ham sticks to the literal interpretation of the Bible. This obviously includes the Flood and the building of the Ark by Noah. In order to explain how all animals fitted on the Ark, creationists refer to Biblical "kinds". A special discipline called Baraminology (see a previous post) studies these kinds. Creation "scientists" believe that the kinds present on the Ark evolved into different species by micro-evolution. They even use hybridization to determine which species can be traced back to a certain kind. And my PhD focuses on hybridization in geese...
 
 
 
Two goose species that extensively interbreed are Greylag Goose (Anser anser) and Canada Goose (Branta canadensis). I calculated the genetic distance between them based on the cytb-sequence: they differ about 9%. The current molecular clock for mitochondrial DNA is 2% per million year. That means that these 2 species diverged approximately 4-5 million years ago (which has been confirmed by fossil evidence).


 
If, however, we assume that these species evolved from the "Biblical Goose-kind" about 4000 years ago, the mutation rate would be about 1125 times faster. With such a mutation rate, the possibilities seem endless! Maybe even a goose that lays golden eggs... Which could actually be possible in the fantasy world of Ken Ham.